Bandiera di colore azzurro, caricata al centro con lo stemma regionale, e la scritta REGIONE MOLISE a contornarlo.

Scudo rosso, bordato d'argento e con banda diagonale dello stesso colore. In alto a sinistra una stella d'argento con punte analoga a quella della riproduzione dell'Arme della Provincia di Molise contenuta in un frontespizio tratto dall'opera "il Regno di Napoli diviso in dodici Province" di Enrico Rocco Alemanno (Napoli, 1608). L'ispirazione fondamentale della scelta dello stemma della Regione Molise è legata all'identità storica del nome e del territorio di Molise che "compare nell'Alto Medioevo come quella di una Contea normanna e deriva da quello del castello di Molise (...). La Contea, nella sua massima estensione, raggiunge il Volturno, il Trigno, il Fortore, i Monti del Matese e il Mare Adriatico, confini conservati all'incirca nelle successive divisioni" (Enciclopedia italiana). Il Molise raggiunge una sua unitaria configurazione amministrativa e territoriale con i sovrani del Regno di Napoli della famiglia di Napoleone Bonaparte, e culturale con Galanti, Longano, Cuoco, Zurlo e Pepe. Tale configurazione si concretizzò ulteriormente nel 1993 con il distacco dall'Abruzzo e la successiva attuazione della Regione a Statuto ordinario.